4 瓦爾登湖 -
7月4日，恰好那一天是獨立日，美國的國慶，他住進了自己蓋起來的湖邊的木屋。在這木屋里，這湖濱的山林里，觀察著，傾聽著，感受著，沉思著，并且夢想著，他獨立地生活了兩年多。他記錄了他的觀察體會，分析研究了他從自然界里得來的音訊、閱歷和經驗。決不能把他的獨居湖畔看作是什么隱士生涯。他是有目的地探索人生，批判人生，振奮人生，闡述人生的更高規律。他并不是消極的，他是積極的。他并不是逃人生，而是走向人生，并且就在這中間，他也曾用他自己的獨特方式，投身于當時的政治斗爭。
那發生于一個晚上，當他進城去到一個鞋匠家中，要補一雙鞋，忽然被捕，并被監禁在康城監獄中。原因是他拒絕交納人頭稅。他之拒付此種稅款已經有六年之久。他在獄中住了一夜，毫不在意。第二天，因有人給他付清了人頭稅，就被釋放。出來之后，他還是去到鞋匠家里，等補好了他的鞋，然后穿上它，又和一群朋友跑到幾里外的一座高山上，漫游在那兒的什么州政府也看不到的越桔叢中──這便是他的有名的入獄事件。
在1849年出版的《美學》雜志第一期上，他發表了一篇論文，用的題目是《對市政府的抵抗》。在1866年(他去世已4年)出版的《一個在加拿大的美國人，及其反對奴隸制和改革的論文集》收入這篇文章時，題目改為《論公民的不服從權利》。此文題目究竟應該用哪一個，讀書界頗有爭論，并有人專門研究這問題。我國一般地慣用了這個《消極反抗》的題名，今承其舊，不再改變。文中，梭羅并沒有發出什么政治行動的號召，這毋寧說正是他一貫倡導的所謂“更高的原則”中之一項。他認為政府自然要做有利于人民的事，它不應該去干擾人民。但是所有的政府都沒有做到這一點，更不用說這個保存了奴隸制度的美國政府了，因此他要抗議和抵抗這一個政府，不服從這一個政府。他認為，如果政府要強迫人民去做違背良心的事，人民就應當有消極抵抗的權利，以抵制它和抵抗它。這篇《消極抵抗》的論文，首先是給了英國工黨和費邊主義者以影響，后來又對以絕食方式反對英帝國主義的印度圣雄甘地的“不合作運動”與“非暴力主義”有很大的作用，對于1960年馬丁•路德•金在美國爭取民權運動有很大的作用，對托爾斯泰的“勿以暴抗暴”的思想也有影響，以及對羅曼•羅蘭也有一些影響。
梭羅是一生都反對蓄奴制度的，不止一次幫助南方的黑奴逃亡到自由的北方。在1845年的消極反抗之后，他還寫過《馬省的奴隸制》(1854年)一文，他和愛默生一起支持過約翰•布朗。1859年10月，布朗企圖襲擊哈潑斯渡口失敗而被捕，11月刑庭判處布朗以絞刑，梭羅在市會堂里發表了《為約翰•布朗請愿》的演說。布朗死后，當地不允許給布朗開追悼會，他到市會堂敲響大鐘，召集群眾舉行了追悼會。梭羅關于布朗的一系列文章和行動都是強烈的政治言行。
這期間，梭羅患上了肺結核癥，健康明顯地變壞。雖然去明尼蘇達作了一次醫療性的旅行，但病情并無好轉。他自知已不久于人世了。
在最后的兩年里，他平靜地整理日記手稿，從中選出一些段落來寫成文章，發表在《大西洋月刊》上。他平靜安詳地結束了他的一生，死于1862年5月6日，未滿45歲。