原毀
當時下邳有個叫苗海潮的，也聚集了不少人做強盜，杜伏威派輔公祏對他們說：“現在我們共同遭受隋朝暴政之苦，各自為正義而起兵，力量分散勢力薄弱，經常擔心被抓獲，為什么不聯合起來使力量變得強大些呢，就不會擔心隋軍來制約我們了。如果你能夠做首領，我定當恭敬地跟隨您，如果你估量自己不能勝任，可以前來聽從我的指揮，不然的話，我們就打一仗來一決高低。”苗海潮害怕了，立即率領他的同伙歸附了杜伏威。江都留守派遣校尉宋顥率軍討伐杜伏威，杜伏威和他作戰，假裝敗逃，將宋顥的軍隊引入蘆葦叢中，然后從風向的上方縱火，迫使宋顥的步兵騎兵都陷在沼澤里，火勢蔓延開把他們都燒死了。海陵賊帥趙破陣，聽說杜伏威的士兵少就輕視他，派遣使者召喚他，要求和他合并兵力。杜伏威命令輔公祏整肅軍隊屯駐趙營外以防事態變化，親自帶領十個將士帶著牛肉和酒進去拜見。趙破陣非常高興，拉著杜伏威進入營帳內，把所有的頭目召集到一塊，舉行盛大宴會并盡情痛飲。杜伏威在席上斬殺了趙破陣，然后兼并了他的同伙。從此，杜伏威軍隊的勢力逐漸強盛起來，不久又屠安宜城。
宇文化及謀反時，委任杜伏威為歷陽太守，杜伏威沒有接受。后來又率部轉移到丹陽，提拔任用有名望有能力的人，大力修整器械，減輕賦稅，廢除殉葬法，那些犯了盜竊的人以及貪污的官員，無論輕重都殺掉。唐太宗圍攻王世充時，派使者招撫他，杜伏威請求投降，封吳王，賜姓李氏。
武德四年，杜伏威派遣他的將軍王雄誕在杭州討伐李子通，捉拿后將李子通獻給了太宗。后來又在歙州擊敗汪華，完全占有江東、淮南的地區，在南與五嶺相連，向東直到東海。不久聽說太宗平定了劉黑闥，進攻了徐圓朗，杜伏威害怕于是前來朝拜，被授予太子太保，仍然兼任行臺尚書令。留在京師，朝廷對他以禮相待十分優厚，地位在齊王元吉之上，以表示對他的寵愛不同于眾人。輔公祏謀反，假稱是杜伏威的命令，來哄騙杜的士兵，高祖派遣趙郡王孝恭討伐他。這時杜伏威在長安生急病死了。等到輔公祏被平定，孝恭得到輔公祏造反的言詞，不知道這是假的，立刻把事情奏稟皇帝，于是廢除杜伏威的名號，罰沒他的家產和家小。貞觀元年，太宗知道了他是冤枉的，于是赦免了他，恢復他的官爵，按國公的禮儀予以安葬。